Seiken Tsukai no World Break berlangsung di Akane Private Academy di mana siswa yang memiliki ingatan tentang kehidupan mereka sebelumnya dilatih untuk menggunakan Seni Ancestral sehingga mereka dapat berfungsi sebagai pembela terhadap monster, yang disebut Metafisika, yang secara acak menyerang . Dikenal sebagai penyelamat, para siswa dipecah menjadi dua kategori: kurogane yang mampu menggunakan prana mereka untuk memanggil senjata ofensif dan kuroma yang mampu menggunakan sihir.
Cerita dimulai enam bulan sebelum klimaks utama dari seri selama upacara pembukaan pada hari pertama tahun ajaran. Setelah upacara selesai, karakter utama, Moroha Haimura, bertemu dengan seorang gadis bernama Satsuki Ranjou yang mengungkapkan bahwa dia adalah adik perempuan Moroha di masa lalu di mana Moroha adalah seorang pangeran heroik yang mampu membunuh seluruh pasukan dengan keterampilan pedangnya. Segera setelah itu dia bertemu dengan gadis lain, Shizuno Urushibara, yang akhirnya mengungkapkan bahwa dia juga mengenal Moroha di kehidupan masa lalu yang sama sekali berbeda di mana dia adalah penguasa gelap yang mampu menggunakan sihir penghancur tetapi menyelamatkannya dari kehidupan perbudakan. Dapatkah mereka yang pikirannya hidup di masa kini dan masa lalu benar-benar mencapai masa depan yang cerah? Jelajahi dunia kompleks Seiken Tsukai no World Break untuk mencari tahu!